INISNU Temanggung memiliki lambang (logo) berbentuk ketupat, dikelilingi 9 (sembilan bintang), lambang NU, gunungSindoro dan Sumbing, daun tembakau, buku, dengan pemilihan font serif dan keseluruhan logo mirip bunga Wijayakusuma dengan variasi warna hijau, Kuning, emas, dan hitam yang dapat dijabarkansebagai berikut:
BUNGA WIJAYAKUSUMA (Keseluruhan logo)
Bunga yang sangat disakralkan oleh para raja. INISNU Temanggung membawa nilai sakral yang diturunkan kepada seluruh sivitas akademika sehingga menjadi pribadi seperti para raja dengan nilai kewibawaan yang tinggi.
DAUN TEMBAKAU
Merupakan tanaman lokal Temanggung yang menjadi hasil pokok masyarakat Temanggung. Begitu halnya INISNU Temanggung menjadi harapan kehidupan oleh Tri Dharma Perguruan Tinggi.
GUNUNG SINDORO DAN SUMBING
Gunung Sindoro dan Sumbing yang berdampingan mengartikan bahwa INISNU mengakulturasikan nilai agama dengan sains. Dua Puncak merupakan dua koneksi antara Tuhan dengan manusia (Connection of God/Hablumminallah – Connection of Human/Hablumminannas) dan sebagai penciri kearifan lokal bahwa INISNU berada di Temanggung.
LAMBANG NAHDLATUL ULAMA
Merupakan afiliasi Nahdlatul Ulama dengan memegang akidah Ahlussunah Waljamaah An-Nahdiyah.
BINTANG SEMBILAN
Melambangkan Walisongo, serta bintang paling atas adalah anutan kaum muslimin yaitu Kanjeng Nabi Muhammad SAW dan empat sahabat Nabi serta madzahibul arba’ah (Imam Syafi’i, Imam Hanbali, Imam Hanafi, Imam Maliki).
BENTUK KETUPAT
Merupakan landasan berfikir atau paradigma keilmuan dari INISNU Temanggung yaitu Ketupat Ilmu.
BUKU
Mengartikan INISNU Temanggung merupakan sumber ilmu serta pamandu dalam kegelapan menuju masa depan gemilang dengan pegangan buku selaku jendela dunia serta sumber keilmuan.
FONT SERIF
Menandakan ketegasan dan kewibawaan serta kekuatan dalam membawa marwah keilmuan di INISNU Temanggung.
HIJAU
Mengartikan peradaban dan kesuburan ilmu.
KUNING
Melambangkan sikap optimis
EMAS
Mengartikan keagungan
HITAM
Melambangkan keabadian dan kekekalan.